Эффективность применения антимонопольного законодательства существенно зависит от деятельности специальных государственных органов, которые проводят в жизнь государственную антимонопольную политику и осуществляют антимонопольное регулирование. В этих целях в России была сформирована целостная система антимонопольных органов, которая продолжает совершенствоваться с учетом изменений в антимонопольном законодательстве. Изначально антимонопольные органы действуют в двух направлениях:

1)          проводят в жизнь государственную политику, направленную на демонополизацию экономики, на развитие конкуренции, на эффективное функционирование товарных рынков в их многообразных продуктовых и географических границах;

2)          обеспечивают предупреждение, ограничение и пресечение монополистической деятельности и недобросовестной конкуренции.

Антимонопольные органы в России действуют на федеральном уровне и в регионах и в целом создают единую систему федеральных органов исполнительной власти, осуществляющих контроль за соблюдением антимонопольного законодательства и обеспечивающих антимонопольное регулирование.

В Российской Федерации первый федеральный антимонопольный орган был образован в октябре 1990 г., т.е. еще до принятия первого антимонопольного закона — закона РСФСР «О конкуренции и ограничении монополистической деятельности на товарных рынках» (март 1991 г.) Эти функции выполнял Государственный комитет РСФСР по антимонопольной политике и поддержке новых экономических структур.

В 1995 г. в целях реализации государственной политики по развитию предпринимательства был создан специальный федеральный орган - Государственный комитет Российской Федерации по поддержке и развитию малого предпринимательства. Одновременно Государственный комитет РСФСР по антимонопольной политике н поддержке новых экономических структур был преобразован в Государственный антимонопольный комитет Российской Федерации.

В 1996 г. для реализации Федерального закона «О естественных монополиях» были созданы Федеральная служба по регулированию естественных монополий в области связи и Федеральная служба по регулированию естественных монополий на транспорте. Ранее эти функции выполнял федеральный антимонопольный орган. Несколько ранее (1995 г.) была создана Федеральная энергетическая комиссия, осуществляющая контроль за деятельностью естественных монополий в сфере электроэнергетики н ценовое регулирование в этой сфере.

В 1998 г. указом Президента Российской Федерации было создано Министерство Российской Федерации по антимонопольной политике и поддержке предпринимательства (МАЛ России). Данное министерство вновь, как и в начале существования антимонопольных органов России, объединило задачи, предусмотренные законом РСФСР «О конкуренции и ограничении монополистической деятельности на товарных рынках», и задачи регулирования естественных монополий на транспорте и в области связи, а также государственной поддержке малого предпринимательства. Соответственно, Государственный комитет Российской Федерации по поддержке и развитию малого предпринимательства, Федеральная служба по регулированию естественных монополий в области связи и Федеральная служба по регулированию естественных монополий на транспорте были упразднены. Федеральная энергетическая комиссия продолжала осуществлять свою деятельность.

В марте 2004 г. в контексте реализуемой в России административной реформы началась реорганизация МАП России, которая закончилась созданием Федеральной антимонопольной службы (ФАС России). Одновременно была упразднена Федеральная энергетическая комиссия и создана Федеральная служба по тарифам, в функции которой стало входить ценовое регулирование и контроль за деятельностью субъектов естественных монополий на федеральном рынке. Федеральная антимонопольная служба объединила в себе функции упраздненного Министерства Российской Федерации по антимонопольной политике и поддержке предпринимательства и часть функций упраздненной Федеральной энергетической комиссии в части антимонопольного контроля на рынке естественных монополий (за исключением ценового контроля и регулирования). Вместе с тем, функции по защите прав потребителей при упразднении МАП России были переданы вновь созданной Федеральной службе по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучию человека. С 2016 г. Федеральной антимонопольной службе были переданы функции и полномочия упраздненной Федеральной службы по тарифам.

Помимо федерального антимонопольного органа (центрального аппарата), система антимонопольных органов Россин включает территориальные органы федерального антимонопольного органа, создаваемые в субъектах Российской Федерации. При этом Федеральная служба по тарифам не имела своих территориальных органов, что в известной мере сказывалось на эффективности контроля за деятельностью естественных монополий. Территориальные органы Федеральной антимонопольной службы не входят в систему органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации и подчиняются непосред- ственно федеральному антимонопольному органу. Такая вертикальная структура антимонопольных органов соответствует установленному Конституцией государства разграничению предметов ведения Российской Федерации и субъектов Российской Федерации, так как антимонопольное законодательство по своей сути находится в исключительной компетенции Российской Федерации. Кроме того, независимость антимонопольных органов от системы власти субъектов Российской Федерации необходима для эффективного исполнения ими своих полномочий, в частности, в сфере контроля соблюдения антимонопольного законодательства органами исполнительной власти, органами местного самоуправления и их должностными лицами.

По мере совершенствования антимонопольного законодательства, принятия новых актов по защите конкуренции в различных сферах деятельности функции федерального антимонопольного органа и его территориальных органов меняется их значимость, и влияние на экономические отношения в стране возрастает.