После событий 13 октября 2005 года в Нальчике антитеррористическая активность ФСБ и всех других силовых структур возросла. Они раскрыли и уничтожили несколько десятков бандитских групп. Зимой и весной 2006 года наибольшее число таких групп было выявлено в Дагестане, где ваххабитские группы давно уже пытались вести войну против работников МВД, а также военнослужащих‑пограничников. Около десяти раз приводились в действие в Дагестане группы оперативного реагирования – ГОУ или ГРОУ. Общая численность всего состава этих групп была доведена в Южном федеральном округе до 20 тысяч человек, причем при каждом руководителе ГРОУ круглосуточно находились пятьдесят готовых к действию спецназовцев. Уже через 30 минут руководитель группы мог направить в любое место в зоне своей ответственности еще 200 бойцов. Однако не все нападения террористов удалось предотвратить. И в Дагестане, и в Ингушетии были убиты заместители министров внутренних дел. Для этих терактов использовались автомашины, начиненные взрывчаткой. Подрыв их производился в нужный момент с помощью радиоуправляемого взрывателя. Считалось, что это любимый метод или «почерк» Шамиля Басаева.

10 июля 2006 года директор ФСБ Н. Патрушев лично доложил президенту В. В. Путину об уничтожении самого Басаева – «террориста номер один» в России. В сообщениях информационных агентств 11 июля говорилось, что в ночь на 10 июля 2006 года в результате тщательно проведенной спецоперации в Ингушетии на окраине села Экажево близ Назрани взорвался или был взорван грузовик КамАЗ с фурой. Вместе с КамАЗом были уничтожены Шамиль Басаев и еще несколько боевиков. Лишь через несколько месяцев в российской печати появились сообщения, что за участие в ликвидации Ш. Басаева президент В. В. Путин наградил двадцать шесть сотрудников ФСБ, в том числе двух женщин. Из других сообщений в печати можно сделать вывод, что была действительно очень тщательно подготовленная спецоперация. Крупную партию оружия более двадцати наименований закупили для Басаева за границей. С помощью этого тщательно подобранного арсенала можно было устроить еще несколько террористических актов по типу Беслана. Часть упаковок с оружием имела эмблему ВВС Саудовской Аравии. Органам ФСБ удалось внедрить или в окружение Басаева, или в цепочку по поставке оружия своих агентов и не только заминировать КамАЗ, имевший осетинские номера, но и провести опись и фотографирование всего оружейного арсенала. Получать этот «груз» явился сам Шамиль Басаев. От Басаева мало что осталось после взрыва. Однако сохранилась съемка, которая была сделана на мобильный телефон. По всей видимости, этот телефон принадлежал агенту, сумевшему войти в окружение в доверие к Басаеву и давшему последний сигнал подрывникам. Когда‑нибудь позже мы узнаем, видимо, все подробности этой успешной спецоперации.

После уничтожения Басаева в июле 2006 года в России не произошло сколько‑нибудь заметных террористических спецопераций. В период с весны 2006 года и до конца весны 2007 года около тысячи боевиков добровольно сдались российским властям.