В соответствии с п. 7 ст. 171 НК РФ организация имеет право на вычет сумм НДС по командировочным расходам, в том числе по расходам на проезд к месту командировки и обратно.

По расходам на проезд НДС принимается к вычету в полном объеме на основании проездных документов (билетов), в которых сумма налога выделена отдельной строкой. Счет-фактура в этом случае не нужен (Письмо Минфина России от 26.02.2016 N 03-07-11/11033).

При приобретении электронных авиабилетов для проезда сотрудников, находящихся в служебной командировке, к вычету принимается сумма налога, выделенная отдельной строкой в маршрут/квитанции электронного пассажирского билета, составленного автоматизированной информационной системой оформления воздушных перевозок и распечатанного на бумажном носителе (Письмо Минфина России от 30.01.2015 N 03-07-11/3522).

Обратите внимание! Вычет можно заявить не в том квартале, когда билеты были приобретены, а только в том квартале, когда работник вернулся из командировки и сдал авансовый отчет с приложенным к нему бланком использованного билета (Письмо Минфина России от 20.05.2008 N 03-07-11/197).

На основании п. 18 Правил ведения книги покупок, применяемой при расчетах по налогу на добавленную стоимость, утвержденных Постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 N 1137, при приобретении услуг по перевозке работников к месту служебной командировки и обратно в книге покупок регистрируются заполненные в установленном порядке бланки строгой отчетности или их копии с выделенной отдельной строкой суммой налога на добавленную стоимость, выданные работнику и включенные им в отчет о служебной командировке (Письмо Минфина России от 11.03.2015 N 03-07-11/12694).

Если сумма НДС в билете не выделена, то она расчетным путем не определяется и к вычету не принимается. При этом полная стоимость билета включается в расходы при исчислении налога на прибыль (см. Письмо Минфина России от 04.12.2003 N 04-03-11/100).

Организация может приобрести билеты по безналичному расчету. При этом возможна следующая ситуация: в бланках полученных билетов НДС не выделен, но при этом агентство выставляет организации счет-фактуру на стоимость купленных билетов, в котором сумма НДС выделена.

Имейте в виду: Минфин России настаивает на том, что вычет НДС возможен только в том случае, если сумма НДС выделена непосредственно в билете. При этом агентства (посредники), реализующие билеты, не имеют права от своего имени выставлять покупателям счета-фактуры на стоимость проданных билетов. Соответственно, суммы НДС, указанные в этих счетах-фактурах, к вычету не принимаются.

Такие разъяснения можно найти в Письме Минфина России от 12.10.2010 N 03-07-09/45, а также в Письме УФНС России по г. Москве от 10.01.2008 N 19-11/603.

Таким образом, вычет НДС в ситуации, когда соответствующая сумма не выделена в билете, безусловно, приведет к спору с налоговым органом.