Системы оплаты труда работников таких учреждений, согласно п. 1 Положения N 583, включают:
- размеры окладов (должностных окладов), ставок заработной платы;
- выплаты компенсационного характера;
- выплаты стимулирующего характера.

Размеры окладов (должностных окладов), ставок заработной платы
Размеры окладов (должностных окладов), ставок заработной платы устанавливаются руководителем федерального учреждения на основе требований к профессиональной подготовке и уровню квалификации, необходимых для осуществления деятельности по соответствующей профессиональной квалификационной группе, с учетом сложности и объема выполняемой работы (п. 3 Положения N 583). Профессиональные квалификационные группы должностей работников образования утверждены Приказом Минздравсоцразвития России от 05.05.2008 N 216н.
При установлении окладов или ставок заработной платы учитывается, в частности, объем выполняемой работы (п. 3 Положения N 583). В отношении педагогических работников в Приложении 1 к Приказу Минобрнауки России от 22.12.2014 N 1601 определена норма часов педагогической работы за ставку заработной платы.
Названным Приказом также утвержден Порядок определения учебной нагрузки педагогических работников, оговариваемой в трудовом договоре (далее - Порядок определения учебной нагрузки). В частности, согласно п. 1.3 этого Порядка объем учебной нагрузки педагогических работников, выполняющих учебную (преподавательскую) работу, определяется ежегодно на начало учебного года (тренировочного периода, спортивного сезона) и устанавливается локальным нормативным актом организации, осуществляющей образовательную деятельность.
Порядок исчисления заработной платы педагогов в зависимости от установленной учебной нагрузки определяется в разд. IV Рекомендаций об условиях оплаты труда работников образовательных учреждений, содержащихся в Приложении к письму Минобрнауки России N АФ-947, Профсоюза работников народного образования и науки РФ N 96 от 26.10.2004. Однако руководствоваться этим документом можно только с учетом Постановления N 583, Положения N 583.
В образовательных организациях, находящихся в ведении Минобрнауки России, при исчислении месячной заработной платы педагогических работников необходимо также руководствоваться положениями Приложения N 2 к Отраслевому соглашению по организациям, находящимся в ведении Министерства образования и науки Российской Федерации, на 2015 - 2017 годы, утвержденному Минобрнауки России, Профсоюзом работников народного образования и науки РФ 22.12.2014.
При установлении размеров окладов (должностных окладов), ставок в бюджетных и автономных федеральных учреждениях можно учитывать примерные положения об оплате труда, о которых сказано в абз. 1 п. 2(1) Положения N 583. Согласно данному абзацу такие примерные положения носят рекомендательный характер для этих учреждений. Установление размеров окладов (ставок) в федеральных казенных учреждениях осуществляется в соответствии с положениями об оплате труда, названными в абз. 2 п. 2(1) Положения N 583, которые носят обязательный характер для данных учреждений.

Выплаты компенсационного характера
В федеральных учреждениях выплаты компенсационного характера устанавливаются к окладам (должностным окладам), ставкам заработной платы работников по соответствующим профессиональным квалификационным группам в процентах к этим окладам (ставкам) или в абсолютных размерах, если иное не установлено федеральными законами или указами Президента РФ (п. 4 Положения N 583).
При установлении указанных выплат в бюджетных и автономных федеральных учреждениях можно учитывать примерные положения об оплате труда, о которых сказано в абз. 1 п. 2(1) Положения N 583. Согласно данному абзацу такие примерные положения носят для этих учреждений рекомендательный характер. Установление компенсационных выплат в федеральных казенных учреждениях осуществляется в соответствии с положениями об оплате труда, названными в абз. 2 п. 2(1) Положения N 583, которые носят обязательный характер для данных учреждений.
Размеры и условия осуществления выплат компенсационного характера устанавливаются коллективными договорами, соглашениями, локальными нормативными актами в соответствии с трудовым законодательством и иными нормативными правовыми актами, содержащими нормы трудового права, а также в соответствии с Перечнем видов выплат компенсационного характера в федеральных бюджетных, автономных, казенных учреждениях согласно Приложению N 1 к Приказу Минздравсоцразвития России от 29.12.2007 N 822. Это предусмотрено п. 2 Разъяснений о порядке установления выплат компенсационного характера в федеральных бюджетных, автономных, казенных учреждениях, приведенных в Приложении N 2 к Приказу Минздравсоцразвития России от 29.12.2007 N 822.
В соответствии с названным Перечнем к выплатам компенсационного характера в федеральных бюджетных, автономных и казенных учреждениях относятся:
- выплаты работникам, занятым на тяжелых работах с вредными и (или) опасными и иными особыми условиями труда;
- выплаты за работу в местностях с особыми климатическими условиями;
- выплаты за работу в условиях, отклоняющихся от нормальных (при выполнении работ различной квалификации, совмещении профессий (должностей), сверхурочной работе, работе в ночное время и при выполнении работ в других условиях, отклоняющихся от нормальных). К выплатам за работу в условиях, отклоняющихся от нормальных, наряду с перечисленными могут относиться также выплаты за дополнительные трудозатраты, которые непосредственно связаны с обеспечением выполнения основных должностных обязанностей, но при этом не входят в эти обязанности (например, классное руководство, проверка письменных работ). Это следует из Разъяснений по вопросам введения новых систем оплаты труда работников федеральных бюджетных образовательных учреждений, приведенных в Письме ЦК профсоюза работников народного образования и науки РФ от 19.09.2008 N 216 "О введении новых систем оплаты труда работников федеральных бюджетных образовательных учреждений";
- надбавки за работу со сведениями, составляющими государственную тайну, их засекречиванием и рассекречиванием, а также за работу с шифрами.