Заработная плата работнику устанавливается трудовым договором в соответствии с действующими у работодателя системами оплаты труда (ч. 1 ст. 135 ТК РФ). Это правило распространяется и на заработную плату работников медицинских организаций, поскольку иное законодательством не предусмотрено.
Системы оплаты труда в государственных и муниципальных учреждениях согласно ч. 1 ст. 144 ТК РФ устанавливаются:
а) в федеральных государственных учреждениях - коллективными договорами, соглашениями, локальными нормативными актами в соответствии с федеральными законами и иными нормативными правовыми актами РФ, в частности в соответствии с Постановлением Правительства РФ от 05.08.2008 N 583, а также Положением об установлении систем оплаты труда работников федеральных бюджетных, автономных и казенных учреждений (далее - Положение N 583), утвержденным п. 5 указанного Постановления. Это следует из ч. 1 ст. 144 ТК РФ, п. 1 Положения N 583;
б) в государственных учреждениях субъектов РФ - коллективными договорами, соглашениями, локальными нормативными актами в соответствии с федеральными законами и иными нормативными правовыми актами РФ, законами и иными нормативными правовыми актами субъектов РФ;
в) в муниципальных учреждениях - коллективными договорами, соглашениями, локальными нормативными актами в соответствии с федеральными законами и иными нормативными правовыми актами РФ, законами и иными нормативными правовыми актами субъектов РФ, нормативными правовыми актами органов местного самоуправления.
Данный порядок установления систем оплаты труда распространяется в том числе на учреждения здравоохранения, поскольку законодательство не предусматривает каких-либо исключений, касающихся указанного порядка.
Системы оплаты труда работников государственных и муниципальных учреждений здравоохранения устанавливаются, в частности, с учетом:
- ЕКС или профессиональных стандартов;
Продолжение перечня
- государственных гарантий по оплате труда, определенных ст. 130 ТК РФ;
- рекомендаций Российской трехсторонней комиссии по регулированию социально-трудовых отношений (разрабатываются в соответствии с ч. 3 ст. 135 ТК РФ). Единые рекомендации по установлению на федеральном, региональном и местном уровнях систем оплаты труда работников государственных и муниципальных учреждений на 2017 год утверждены решением Российской трехсторонней комиссии по регулированию социально-трудовых отношений от 23.12.2016, протокол N 11;
- Перечня видов выплат компенсационного характера в федеральных бюджетных, автономных, казенных учреждениях и разъяснения о порядке установления выплат компенсационного характера в этих учреждениях (утв. Приказом Минздравсоцразвития России от 29.12.2007 N 822);
- Перечня видов выплат стимулирующего характера в федеральных бюджетных, автономных, казенных учреждениях и разъяснения о порядке установления выплат стимулирующего характера в этих учреждениях (утв. Приказом Минздравсоцразвития России от 29.12.2007 N 818);
- мнения соответствующих профсоюзов (объединений профсоюзов) и объединений работодателей.

Данные выводы следуют из ч. 5 ст. 144 ТК РФ, пп. "а", "в", "г", "д", "ж", "з" п. 2 Положения N 583.
Кроме того, при установлении заработной платы работников федеральных бюджетных и автономных учреждений здравоохранения рекомендуется учитывать примерные положения об оплате труда, предусмотренные абз. 1 п. 2(1) Положения N 583. Для федеральных казенных учреждений такие положения носят обязательный характер (абз. 2 п. 2(1) Положения N 583).
Системы оплаты труда включают размеры окладов (должностных окладов), ставок заработной платы, выплаты компенсационного и стимулирующего характера (ч. 2 ст. 135 ТК РФ, п. 1 Положения N 583).
Размеры окладов (должностных окладов), ставок заработной платы работников федерального учреждения здравоохранения устанавливает руководитель в порядке п. 2(1) Положения N 583 на основе требований к профессиональной подготовке и уровню квалификации, которые необходимы для осуществления деятельности по соответствующей профессиональной квалификационной группе с учетом сложности и объема выполняемой работы (п. 3 указанного Положения).
Организации, входящие в частную систему здравоохранения, вправе самостоятельно устанавливать системы оплаты труда работников. При этом условия оплаты их труда не могут быть ухудшены по сравнению с условиями, установленными трудовым законодательством и иными нормативными правовыми актами, содержащими нормы трудового права (ч. 5, 6 ст. 135 ТК РФ).