Расторжение трудового договора по инициативе работодателя не допускается, в частности:

1) с руководителем - беременной женщиной, кроме случая ликвидации организации (ч. 1 ст. 261 ТК РФ, п. 26 Постановления Пленума Верховного Суда РФ от 28.01.2014 N 1);

2) с руководителем, относящимся к одной из категорий лиц, перечисленных в ч. 4 ст. 261 ТК РФ, за исключением увольнения по основаниям, предусмотренным п. п. 1, 5 - 8, 10 или 11 ч. 1 ст. 81 ТК РФ либо п. 2 ст. 336 ТК РФ (ч. 4 ст. 261 ТК РФ);

3) с руководителем в период его временной нетрудоспособности или пребывания в отпуске, кроме случая ликвидации организации. Это следует из ч. 6 ст. 81 ТК РФ, п. 50 Постановления Пленума Верховного Суда РФ от 17.03.2004 N 2.

Работодатель, нарушивший перечисленные требования, может быть привлечен к административной ответственности в соответствии с ч. 1, 2 ст. 5.27 КоАП РФ. Кроме того, ст. 145 УК РФ предусмотрена уголовная ответственность за необоснованное увольнение женщины по мотивам ее беременности или наличия у нее детей в возрасте до трех лет.

При прекращении трудового договора с руководителем организации нужно выплатить все причитающиеся ему суммы (в том числе компенсацию за неиспользованные отпуска) в сроки, установленные ст. 140 ТК РФ. Это следует из ч. 4 ст. 84.1, ч. 1 ст. 127, ст. ст. 140, 274 ТК РФ. К указанным суммам, в частности, относится компенсация, выплачиваемая в случаях, предусмотренных ст. ст. 181, 279 ТК РФ.

Согласно п. 2 ч. 2 ст. 278 ТК РФ трудовой договор с руководителем организации может быть прекращен по основаниям, предусмотренным таким договором.

В частности, при заключении трудового договора с руководителем федерального государственного унитарного предприятия в него следует включить основания расторжения договора, приведенные в п. 2 Постановления Правительства РФ от 16.03.2000 N 234. К таким основаниям относятся:

- невыполнение унитарным предприятием утвержденных в установленном порядке показателей экономической эффективности его деятельности;

- невыполнение руководителем унитарного предприятия решений Правительства РФ и федеральных органов исполнительной власти, принятых в отношении данного предприятия в соответствии с их компетенцией;

- совершение сделок с имуществом, находящимся в хозяйственном ведении унитарного предприятия, с нарушением требований законодательства РФ и определенной уставом предприятия его специальной правоспособности;

- наличие на унитарном предприятии по вине его руководителя более чем 3-месячной задолженности по заработной плате;

- необеспечение использования имущества унитарного предприятия по целевому назначению в соответствии с видами его деятельности, установленными уставом предприятия, а также неиспользование по целевому назначению выделенных ему бюджетных и внебюджетных средств в течение более чем трех месяцев;

- нарушение руководителем унитарного предприятия требований законодательства РФ, а также устава предприятия в части сообщения сведений о наличии заинтересованности в совершении сделок, в том числе по кругу аффилированных лиц;

- нарушение руководителем унитарного предприятия установленного законодательством РФ и трудовым договором запрета на осуществление им отдельных видов деятельности;

- неисполнение по вине руководителя унитарного предприятия установленных нормативными правовыми актами РФ или уставом предприятия обязанностей, связанных с проведением аудиторской проверки унитарного предприятия;

- непредставление или несвоевременное представление, представление недостоверных (искаженных) и (или) неполных сведений (информации), которые необходимо представлять в соответствии с законодательством РФ, руководителем федерального государственного унитарного предприятия в Федеральное агентство по управлению государственным имуществом и (или) в федеральный орган исполнительной власти, в ведении которого находится предприятие.