Оплата труда руководителя выборного органа первичной профсоюзной организации производится за счет членских взносов либо финансирования вышестоящей профсоюзной организации. Частью 7 ст. 377 ТК РФ предусмотрено, что оплата также может осуществляться из средств работодателя в размерах, установленных коллективным договором. Однако следует учитывать, что по отношению к руководителю первичной профсоюзной организации, освобожденному от основной работы, работодателем выступает сама профсоюзная организация, а не тот работодатель, у которого действует профсоюз.
В связи с этим на практике часто возникают вопросы об оплате труда такого руководителя, поскольку исходя из смысла ст. ст. 56, 57, 129 ТК РФ заработная плата выплачивается работнику на основании заключенного трудового договора. В данном случае работодатель перечисляет денежные средства на счет первичной профсоюзной организации или того объединения профсоюзов, членом которого он является. Следует учитывать, что такие выплаты не относятся к расходам, уменьшающим базу по налогу на прибыль организации (письмо УФНС России по г. Москве от 25.01.2008 N 20-12/005978, письмо Минфина России от 29.11.2006 N 03-05-02-04/181).