Руководитель следственного органа - должностное лицо, возглавляющее соответствующее следственное подразделение, а также его заместитель.

Федеральные законы от 05.06.2007 № 87-ФЗ «О внесении изменений в Уголовно-процессуальный кодекс Российской Федерации и ФЗ “О прокуратуре Российской Федерации”», от 06.06.2007 № 90-ФЗ «О внесении изменений в Уголовно-процессуальный кодекс Российской Федерации» создали принципиально новую систему контроля за процессуальной деятельностью следователя со стороны руководителя следственного органа, который на сегодняшний день наделен большинством полномочий, ранее осуществлявшихся прокурором.

Руководитель следственного органа в соответствии со ст. 39 УПК РФ уполномочен:

1)   поручать производство предварительного следствия следователю либо нескольким следователям, а также изымать уголовное дело у следователя и передавать его другому следователю с обязательным указанием оснований такой передачи, создавать следственную группу, изменять ее состав;

2)   принимать уголовное дело к своему производству, приобретая при этом все права следователя (или руководителя следственной группы);

3)   проверять материалы проверки сообщения о преступлении или уголовного дела, отменять незаконные или необоснованные постановления следователя;

4)   давать следователю указания о направлении расследования, производстве отдельных следственных действий, привлечении лица в качестве обвиняемого, об избрании в отношении подозреваемого, обвиняемого меры пресечения, о квалификации преступления и об объеме обвинения;

5)   давать согласие следователю на возбуждение перед судом ходатайства об избрании, продлении, отмене или изменении меры пресечения либо о производстве иного процессуального действия, которое допускается на основании судебного решения; лично допрашивать подозреваемого, обвиняемого без принятия уголовного дела к своему производству при рассмотрении вопроса о даче согласия следователю на возбуждение перед судом указанного ходатайства;

6)   разрешать отводы, заявленные следователю, а также его самоотводы;

7)   отстранять следователя от дальнейшего производства расследования, если им допущено нарушение требований УПК РФ;

8)   отменять незаконные или необоснованные постановления нижестоящего руководителя следственного органа в порядке, установленном УПК РФ;

9)    продлевать срок предварительного расследования;

10)     продлевать срок предварительной проверки сообщения о преступлении до 10 суток;

11)   утверждать постановление следователя о прекращении производства по уголовному делу;

12)   возвращать уголовное дело следователю со своими указаниями о производстве дополнительного расследования.

Указания руководителя следственного органа по уголовному делу даются в письменном виде и обязательны для исполнения следователем. Они могут быть обжалованы руководителю вышестоящего следственного органа. Обжалование указаний не приостанавливает их исполнения, за исключением случаев, когда указания касаются изъятия уголовного дела и передачи его другому следователю, привлечения лица в качестве обвиняемого, квалификации преступления, объема обвинения, избрания меры пресечения, производства следственных действий, которые допускаются только по судебному решению, а также направления дела в суд или его прекращения. При этом следователь вправе представить руководителю вышестоящего следственного органа материалы уголовного дела и письменные возражения на указания руководителя следственного органа.