Меры наказания, назначаемые Международным уголовным судом, зависят от принадлежности к той или иной группе тех деяний, за которые они предусмотрены. В отношении международных преступлений, определенных в ст. 5 Римского статута, МУС вправе назначать виновному:

а) лишение свободы на определенный срок, но не свыше 30 лет, или

в) пожизненное лишение свободы, когда это оправдано исключительно тяжким характером преступления и индивидуальными свойствами личности виновного (ст. 77 Статута).

Помимо лишения свободы, МУС может применить штраф, а также конфискацию доходов, полученных прямо или косвенно в результате преступления (без ущерба для третьих лиц). Штраф определяется в так называемых «дневных ставках» и во всех случаях назначения его за данные преступления не может быть меньше суммы «дневных ставок» за 30 дней и не больше чем за пять лет.

В случае признания какого-либо лица виновным за преступление против отправления правосудия, МУС, согласно ч. 3 ст. 70, может назначить лишение свободы до пяти лет или штраф, либо то и другое одновременно.

При назначении наказания МУС принимает во внимание тяжесть совершенного деяния и личность виновного. Назначая лишение свободы, он засчитывает срок заключения под стражей при его наличии.

Если лицо осуждено за более чем одно преступление, Международный уголовный суд назначает наказание вначале за каждое преступление и затем - общее наказание, которое не может быть меньше срока, назначенного за каждое отдельное преступление, и больше 30 лет лишения свободы либо однократного пожизненного лишения свободы.

Согласно ст. 103 Римского статута, назначенное наказание в виде лишения свободы должно отбываться в государстве, определяемом Судом из перечня государств, уведомивших МУС о своей готовности принять осужденных. Если ни одно из государств не назначено для отбывания наказания конкретным осужденным, лишение свободы отбывается в тюремном учреждении, предоставляемом государством пребывания Суда (Нидерландами). В этом случае расходы по содержанию осужденного несет Международный уголовный суд.

В любое время МУС может принять решение о переводе осужденного в пенитенциарное учреждение другого государства, в том числе - по ходатайству самого осужденного.

Государства, на территории которых отбывается наказание, признают обязательность приговора Суда и ни при каких обстоятельствах не могут его изменять. Только МУС вправе принимать решение по любому ходатайству об обжаловании или пересмотре приговора.

Римский статут не определяет конкретных порядка и условий отбывания лишения свободы по приговору Международного уголовного суда. Статья 106 определяет, что они регулируются законодательством государства исполнения приговора, которое должно отвечать «широко признанным международным договорным стандартам обращения с заключенными», и что эти условия ни в коем случае не должны быть более или менее благоприятными, чем те, в которых содержатся осужденные за аналогичные преступления в данном государстве.

Если осужденный совершает побег и покидает государство исполнения приговора, то это государство после консультации с Судом может обратиться с просьбой к государству, где находится виновный, о передаче этого лица государству исполнения приговора.

Государство, где исполняется приговор, не может самостоятельно освободить осужденного Международным уголовным судом. Только Суд вправе принимать решение по этому вопросу. Если лицо отбыло две трети срока наказания или 25 лет при пожизненном лишении свободы, Суд определяет, следует ли уменьшить назначенный по приговору срок (ст. 110 Римского статута).

Когда лицо, не являющееся гражданином государства исполнения приговора, отбыло наказание, оно может быть передано государству, которое обязано принять это лицо (принцип гражданства), либо другому государству с его согласия. Возможна ситуация, когда государство исполнения приговора дает освобожденному разрешение на пребывание на своей территории. Кроме того, государство исполнения приговора может удовлетворить просьбу другого государства о выдаче или о его предоставлении для целей судебного преследования или исполнения приговора.

Исполнение решений о штрафах и конфискационных мерах производится государствами-участниками по месту нахождения имущества осужденного в соответствии с национальным законодательством. Могут предоставляться отсрочка или рассрочка уплаты штрафа.

Решением Ассамблеи государств-участников учрежден Целевой фонд в интересах потерпевших от преступления, попадающих под юрисдикцию Международного уголовного суда. В соответствии со ст. 79 Римского статута МУС может распорядиться о передаче в этот фонд денежных средств и другого имущества, изъятого путем штрафов и конфискаций.