Основным средством фиксации хода и результатов обыска и выемки является протокол, который составляется в соответствии со ст. 166 и 167 УПК РФ. Протокол целесообразно составлять после завершения обыска на месте его проведения в двух экземплярах, поскольку его копия вручается лицу, в помещении которого был произведен обыск, либо совершеннолетнему члену его семьи, или представителю администрации соответствующей организации, в случае проведения обыска в помещении организации (ч. 15 ст. 182 УПК).

В описательной части отмечается факт предъявления обыскиваемому постановления о производстве обыска (выемки) и требование о добровольной выдаче искомых предметов, документов, ценностей, имеющих значение для уголовного дела, а также результат этого требования (выданы добровольно либо изъяты принудительно); излагаются обстоятельства производства обыска (выемки) - сведения о найденных искомых объектах и местах их обнаружения. Подробно описываются обнаруженные тайники (местонахождение, способ маскировки, устройство тайника, его содержимое, с помощью каких технических средств он был обнаружен). Обнаруженные и изымаемые объекты описываются с указанием их общих и частных признаков. Все изъятые предметы, документы, ценности перечисляются с точным указанием их количества, меры, веса, индивидуальных признаков и по возможности стоимости. Если количество изъятых объектов очень велико, изъятие может быть оформлено отдельной описью, прилагаемой к протоколу обыска. Отмечается факт проведения в ходе обыска (выемки) фотосъемки, видео-, аудиозаписи, полученные результаты оформляются в виде приложений к протоколу.

Целесообразно использовать и иные, кроме протоколирования, способы фиксации: фотографирование, видеозапись, составление планов и схем, которые обеспечивают объективность, полноту и всесторонность этого процесса.

Фиксация хода и результатов обыска и выемки должна осуществляться полно, объективно, в строгом соответствии с требованиями процессуального закона и криминалистическими рекомендациями, поскольку от этого прямо зависит их доказательственное значение.