Государственное управление транспортной деятельностью осуществляется прежде всего на уровне федеральных органов исполнительной власти. В структуре этих органов создано Министерство транспорта РФ - федеральный орган исполнительной власти в области транспорта, осуществляющий функции по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в различных сферах транспорта.

Министерству транспорта РФ подведомственны федеральные органы исполнительной власти, осуществляющие государственные функции по контролю (надзору), оказанию государственных услуг и управлению государственным имуществом в сфере транспорта: Федеральная служба по надзору в сфере транспорта (Ространснадзор), Федеральное агентство воздушного транспорта (Росавиация), Федеральное дорожное агентство (Росавтодор), Федеральное агентство железнодорожного транспорта (Росжелдор), Федеральное агентство морского и речного транспорта (Росморречфлот).

Особо следует отметить управление перевозочным процессом на железнодорожном транспорте, которое координируется ОАО "Российские железные дороги". ОАО "РЖД" появилось в 2003 г. в результате структурной реформы федерального железнодорожного транспорта, проводимой на основании Постановления Правительства РФ от 18 мая 2001 г. N 384. В результате структурной реформы железнодорожного транспорта сформирован конкурентный рынок оперирования грузовыми вагонами путем создания дочерних общесетевых ("Первая грузовая компания", "Вторая грузовая компания") и специализированных ("Трансконтейнер", "Русская Тройка", "РейлТрансАвто") операторских компаний и полного вывода из ОАО "РЖД" парка грузовых вагонов посредством его передачи в капитал дочерних операторов и продажи иным собственникам подвижного состава. Создана Федеральная пассажирская компания, осуществляющая дальние пассажирские перевозки в России и в сообщении с зарубежными странами.