Обязанность по представлению налоговых деклараций по налогу на прибыль пунктом 1 статьи 289 НК РФ возложена на налогоплательщиков независимо от наличия у них обязанности по уплате налога и (или) авансовых платежей по налогу, особенностей исчисления и уплаты налога.

Налогоплательщиками налога на прибыль организаций, как Вы знаете, в соответствии со статьей 246 НК РФ признаются:

- российские организации. Отметим, что к российским организациям приравниваются иностранные организации, признаваемые налоговыми резидентами Российской Федерации в порядке, установленном статьей 246.2 НК РФ;

- иностранные организации, осуществляющие свою деятельность в Российской Федерации через постоянные представительства и (или) получающие доходы от источников в Российской Федерации;

- организации, являющиеся ответственными участниками консолидированной группы налогоплательщиков (далее - КГН) в отношении налога на прибыль по этой консолидированной группе налогоплательщиков.

Налогоплательщики представляют налоговые декларации в налоговые органы по месту своего нахождения.

Организация, в состав которой входят обособленные подразделения, представляет в налоговые органы по месту своего нахождения налоговую декларацию в целом по организации с распределением по обособленным подразделениям (пункт 5 статьи 289 НК РФ). Декларацию следует представить и по месту нахождения каждого обособленного подразделения.

Между тем, при наличии нескольких обособленных подразделений на территории одного субъекта Российской Федерации, согласно пункту 2 статьи 288 НК РФ, налогоплательщик вправе не производить распределение прибыли по каждому обособленному подразделению, выбрав из них ответственное обособленное подразделение, через которое будет осуществляться уплата налога в бюджет этого субъекта Российской Федерации.

Налогоплательщик вправе принять решение об уплате им налога в бюджет субъекта Российской Федерации за свое обособленное подразделение, находящее с ним на территории одного субъекта. При указанном порядке уплаты налога организация вправе представлять налоговую декларацию в налоговый орган только по месту нахождения головной организации (письмо УФНС России по городу Москве от 7 августа 2012 г. N 16-15/071669@, письмо Минфина России от 25 ноября 2011 г. N 03-03-06/1/781).

Вопрос представления отчетности по налогу на прибыль иностранной организацией, осуществляющей деятельность в Российской Федерации, не приводящую к образованию постоянного представительства, рассмотрен в письме Минфина России от 26 мая 2011 г. N 03-03-06/1/310. В письме, со ссылками на статьи 80 и 289 НК РФ, сказано, что иностранные организации, деятельность которых на территории Российской Федерации не приводит к образованию постоянного представительства, как оно определено статьей 306 НК РФ, не освобождаются от обязанности по представлению налоговой декларации по налогу на прибыль в налоговые органы Российской Федерации.

В Инструкции по заполнению налоговой декларации (Приказ МНС России от 7 марта 2002 г. N БГ-3-23/118 "Об утверждении инструкции по заполнению налоговой декларации по налогу на прибыль иностранной организации") указано, что налоговая декларация заполняется всеми иностранными организациями, осуществляющими деятельность в Российской Федерации, состоящими на учете в налоговых органах Российской Федерации. При этом иностранными организациями, имеющими отделения, но не осуществляющими предпринимательскую деятельность, заполняются разделы 2 "Сведения о деятельности иностранной организации в Российской Федерации" и 3 "Финансовое состояние".

Таким образом, налоговая декларация по налогу на прибыль иностранной организации представляется в налоговый орган, в котором иностранная организация состоит на налоговом учете.

Налогоплательщики, отнесенные в соответствии со статьей 83 НК РФ к категории крупнейших, представляют все налоговые декларации (расчеты), которые они обязаны представлять согласно положениям НК РФ, в налоговый орган по месту учета в качестве крупнейших налогоплательщиков (пункт 3 статьи 80 НК РФ).

Таким образом, декларации, в том числе по обособленным подразделениям, налогоплательщики, отнесенные к категории крупнейших, представляют в налоговый орган по месту учета в качестве крупнейших налогоплательщиков, на что указано в письме Минфина России от 14 августа 2009 г. N 03-02-07/1-399.

Теперь поговорим об организациях участниках проекта по осуществлению исследований, разработок и коммерциализации их результатов в соответствии с Федеральным законом от 28 сентября 2010 г. N 244-ФЗ "Об инновационном центре "Сколково" (далее - участники Сколково). Статьей 246.1 НК РФ установлено, что участники проекта в течение 10 лет со дня получения ими статуса участника проекта имеют право на освобождение от исполнения обязанностей налогоплательщика налога на прибыль в порядке и на условиях, предусмотренных главой 25 НК РФ.

Участники проекта вправе использовать право на освобождение с 1-го числа месяца, следующего за месяцем, в котором был получен статус участника проекта (пункт 4 статьи 246.1 НК РФ).

Таким образом, организация, которая направила в налоговый орган по месту своего учета уведомление и документы об использовании права на освобождение по налогу на прибыль, за период с 1-го числа месяца, с которого она как участник проекта начала использовать право на освобождение, налог на прибыль не исчисляет и налоговые декларации за отчетные (налоговые) периоды, начинающиеся с указанной даты, не представляет. Аналогичное мнение высказано в письме УФНС России по городу Москве от 5 октября 2012 г. N 16-15/094726@, а также в письме ФНС России от 20 августа 2012 г. N ЕД-4-3/13704@.