Лицензирование в Российской Федерации осуществляется на основании целого ряда законодательных актов, одним из которых является Федеральный закон от 04 мая 2011 г. N 99-ФЗ "О лицензировании отдельных видов деятельности" (далее - Закон N 99-ФЗ).

Согласно подпункту 24 пункта 1 статьи 12 Закона N 99-ФЗ лицензированию подлежит деятельность по перевозкам пассажиров автомобильным транспортом, оборудованным для перевозок более восьми человек. Исключение составляют случаи, когда указанная деятельность осуществляется по заказам либо для обеспечения собственных нужд юридического лица или индивидуального предпринимателя.

Положение о лицензировании перевозок пассажиров автомобильным транспортом, оборудованным для перевозок более 8 человек (за исключением случая, если указанная деятельность осуществляется по заказам либо для собственных нужд юридического лица или индивидуального предпринимателя), утверждено постановлением Правительства Российской Федерации от 2 апреля 2012 г. N 280 (далее - Положение N 280).

В состав деятельности по перевозке пассажиров включены следующие работы (пункт 3 Положения N 280):

- регулярные перевозки пассажиров в городском и пригородном сообщении;

- регулярные перевозки пассажиров в междугородном сообщении.

За действия уполномоченных органов, связанные с лицензированием перевозок пассажиров автотранспортом, государственная пошлина взимается в следующих размерах (подпункт 92 пункта 1 статьи 333.33 НК РФ):

- предоставление лицензии - 7 500 руб.;

- переоформление документа, подтверждающего наличие лицензии, и (или) приложения к такому документу в связи с внесением дополнений в сведения об адресах мест осуществления лицензируемого вида деятельности, о выполняемых работах и об оказываемых услугах в составе лицензируемого вида деятельности - 3 500 руб.;

- переоформление документа, подтверждающего наличие лицензии, и (или) приложения к такому документу в других случаях - 750 руб.;

- предоставление (выдача) дубликата лицензии - 750 руб.;

- продление срока действия лицензии - 750 руб.

В письмах Минфина России от 13 февраля 2013 г. N 03-05-04-03/3765, от 25 декабря 2012 г. N 03-05-06-03/102, от 8 июля 2011 г. N 03-05-04-03/47 отмечено, что в случае если организация обратилась в уполномоченный орган с заявлением за совершением юридически значимого действия в отношении нее и (или) за выдачей документов и уполномоченным органом было принято обоснованное решение об отказе в совершении вышеуказанных действий, то уплаченная сумма государственной пошлины на основании подпункта 4 пункта 1 статьи 333.40 НК РФ возврату не подлежит.

Выданные лицензии действуют бессрочно, при этом в целях главы 25 НК РФ они не относятся к нематериальным активам в смысле норм пункта 3 статьи 257 и пункта 1 статьи 325 НК РФ, поскольку не являются результатом интеллектуальной деятельности и иным объектом интеллектуальной собственности. Расходы, связанные с приобретением бессрочной лицензии, учитываются в общеустановленном порядке, на что указано в письме ФНС России от 28 декабря 2011 г. N ЕД-4-3/22400.

Порядок признания расходов при методе начисления установлен статьей 272 НК РФ, согласно пункту 1 которой расходы признаются таковыми в том отчетном (налоговом) периоде, к которому они относятся, независимо от времени фактической выплаты денежных средств и (или) иной формы их оплаты и определяются с учетом положений статей 318-320 НК РФ.

Поскольку государственная пошлина, уплачиваемая за выдачу лицензии, является федеральным сбором (пункт 2 статьи 8, пункт 10 статьи 13 НК РФ), то суммы указанного сбора учитываются в расходах единовременно в момент начисления (подпункт 1 пункта 1 статьи 264 НК РФ, подпункт 1 пункта 7 статьи 272 НК РФ).

Консультационные, юридические и иные расходы, связанные с получением лицензии, на основании подпунктов 14 и 15 пункта 1 статьи 264 НК РФ являются прочими расходами, датой признания которых является одна из следующих дат: дата расчетов в соответствии с условиями заключенных договоров, дата предъявления документов, служащих основанием для расчетов, или последний день отчетного (налогового) периода (подпункт 3 пункта 7 статьи 272 НК РФ). Аналогичное мнение высказано в письме Минфина России от 12 апреля 2013 г. N 03-03-06/1/12248.

В письме Минфина России от 22 мая 2015 г. N 03-03-06/1/29535 отмечено, что если расходы на приобретение лицензий, срок действия которых изменен положениями Закона N 99-ФЗ на бессрочный, распределялись налогоплательщиком на срок действия лицензии и на момент вступления в силу Закона N 99-ФЗ по данным налогового учета имеется недосписанная стоимость этих лицензий, то указанная часть может быть учтена в целях налогообложения прибыли единовременно в составе прочих расходов.