Административно-правовой статус учреждений и других некоммерческих организаций непосредственно связан с объемом управленческих полномочий государства, которые, в свою очередь, зависят от того, кто выполняет функции собственника, учредителя (участника) некоммерческой организации — государство, муниципальное образование или иной субъект.

Административные функции в отношении некоммерческих организаций, как правило, осуществляются в форме контроля органов исполнительной власти за соблюдением ими законодательных требований и своего устава.

Все некоммерческие организации должны соблюдать общие обязанности юридических лиц в сфере государственного управления по уплате налогов, ведению бухгалтерского учета, предоставлению информации в органы исполнительной власти по их запросам, соблюдению санитарных, экологических и других правил и требований, установленных законодательством. Некоммерческие организации выступают также стороной административно-процедурных и административно-юрисдикционных отношений, являются получателями государственных услуг, объектами регистрационной и иной легализующей деятельности органов исполнительной власти.

Министерство юстиции РФ в соответствии с Указом Президента РФ от 13 октября 2004 г. № 1313 «Вопросы Министерства юстиции Российской Федерации» принимает решение о государственной регистрации некоммерческих организаций, в том числе отделений международных организаций и иностранных некоммерческих неправительственных организаций, а также о регистрации представительств иностранных религиозных организаций.

Минюст России также определяет порядок проведения проверок соответствия деятельности некоммерческих организаций по расходованию денежных средств и использованию иного имущества целям, предусмотренным учредительными документами (уставным целям); принимает решения о внесении сведений в реестр филиалов и представительств международных организаций и иностранных некоммерческих неправительственных организаций.

В последующем Минюст России и его территориальные органы осуществляют федеральный государственный надзор за деятельностью некоммерческих организаций, ведут ведомственный реестр зарегистрированных некоммерческих организаций, а также реестр национально-культурных автономий.

Федеральным законом от 12 января 1996 г. № 7-ФЗ «О некоммерческих организациях» установлен общий административно-правовой статус учреждений и других некоммерческих организаций.

В зависимости от избранной организационно-правовой формы некоммерческие организации наделяются также специальным административно-правовым статусом. В частности, юридические лица, являющиеся некоммерческими организациями, создаются в следующих формах: потребительские кооперативы; общественные организации; ассоциации (союзы); товарищества собственников недвижимости; казачьи общества; общины коренных малочисленных народов Российской Федерации; фонды; учреждения; автономные некоммерческие организации; религиозные организации; публично-правовые компании.

Самой многочисленной группой среди унитарных некоммерческих организаций являются учреждения. Учреждение — самостоятельный вид некоммерческой организации, созданной собственником для осуществления управленческих, социально-культурных или иных функций некоммерческого характера.

Учреждение может быть создано гражданином или юридическим лицом (частное учреждение) либо Российской Федерацией, субъектом РФ, муниципальным образованием (государственное учреждение, муниципальное учреждение). При создании учреждения не допускается соучредительство нескольких лиц.

Учредитель является собственником имущества созданного им учреждения. Учреждение приобретает право оперативного управления на имущество, закрепленное за ним собственником и приобретенное по иным основаниям.

Учреждения могут быть участниками хозяйственных обществ и вкладчиками в товариществах на вере с разрешения собственника имущества учреждения, если иное не установлено законом.

Органами управления учреждением являются его руководитель, назначенный учредителем и, если это предусмотрено законом и уставом учреждения, коллегиальные органы (ученый совет, научно-технический совет, наблюдательный совет и т. и.). Руководитель государственного или муниципального учреждения, если это предусмотрено в правовых актах, устанавливающих порядок управления учреждением, может также избираться коллегиальным органом и утверждаться учредителем.

Государственное или муниципальное учреждение может быть казенным, бюджетным или автономным.

Порядок финансового обеспечения деятельности государственных и муниципальных учреждений в соответствии с постановлением Правительства РФ от 2 сентября 2010 г. № 671 «О порядке формирования государственного задания в отношении федеральных государственных учреждений и финансового обеспечения выполнения государственного задания» определяется БК РФ, в частности при установлении государственного (муниципального) задания.

Для бюджетных и казенных учреждений задание составляется исходя из основных видов их деятельности, указанных в учредительных документах. Оно содержит показатели качества государственных услуг (работ), их объем (содержание), порядок оказания (выполнения). Основой для составления задания являются базовые (отраслевые) и ведомственные перечни государственных услуг (работ), а также показатели их качества. Указанные перечни размещаются в сети Интернет.

Для казенных учреждений задание формируют главные распорядители средств федерального бюджета, которым они подведомственны, для бюджетных — органы, выполняющие функции учредителя. Задание утверждается не позднее одного месяца после официального опубликования закона о федеральном бюджете и размещается органом казначейства на официальном интернет-сайте.

Казенным учреждениям средства на выполнение государственного задания перечисляются по смете; бюджетным учреждениям выделяются субсидии, размер которых определяется исходя из нормативных затрат на оказание государственных услуг, содержание имущества, уплату налогов; в расчет берутся также средства, поступающие от оказания платных услуг.

Особенности правового положения государственных и муниципальных учреждений отдельных типов определяются соответствующими законами.