По мнению историков, развитие таможенного дела и становление таможенных органов началось в XVII в. Таможнями управляли таможенные головы и их помощники — целовальники, называемые так потому, что при вступлении в должность они целовали крест и приносили присягу служить верно. Помимо целовальников процедуру таможенного оформления помогали осуществлять работавшие по найму дьяки и подьячие, в обязанности которых входило записывать в таможенные книги данные о товарах и их обложении. Таможенные головы выбирались из первостатейных купцов и служили бесплатно.

Целовальников выбирали из торгового посадского населения. Как голове, так и целовальникам строго запрещалось производить какие- либо торговые операции. За превышение сумм сборов головы получали награду, а если доходы таможни по вине управляющих уменьшались по сравнению с прошлыми годами, с головы и целовальников взыскивали недочет. В случае серьезных злоупотреблений головы подвергались и более строгому наказанию — битью кнутом, а то и «смертной казнью без всякой пощады».

В 1718 г. Петром I в целях покровительства российской торговле, управления таможенными сборами и таможенными тарифами была образована Коммерц-коллегия, возглавившая систему таможенных органов Российской Империи. Несколько позднее эту коллегию подчинили Министерству финансов, в Департаменте внешней торговли которого для непосредственного руководства таможенным делом было создано Таможенное отделение. Затем Департамент был преобразован в Департамент таможенных сборов, на который возлагалось заведование таможенным делом на территории всей России. Управление отдельными отраслями таможенного дела осуществлялось через структурные подразделения департамента — таможенные столы.

В 1753—1757 гг. была проведена таможенная реформа, завершившаяся перестройкой таможенной системы в России. Начало ей положил Манифест от 20 декабря 1753 г. В нем провозглашалась отмена 17 видов таможенных и мелочных внутренних сборов с торговли и перевозки товаров. Взамен их вводился добавочный 13%-ный сбор русскими деньгами на все ввозимые и вывозимые товары. В 1758 г. все таможни, кроме остзейских и расположенных в азиатской части страны, были отданы в откупное содержание компании купца Шемякина сроком на шесть лет.

В 1763 г. компания не смогла уплатить правительству договорную сумму. Шемякин был отдан под суд, а 24 августа 1762 г. Екатерина II подписала указ об окончательном приеме таможен в казенное ведение.

Для надзора над ними учредили Главную над таможенными сборами канцелярию, ас 1789 г. надзор был возложен на Таможенные экспедиции казенных палат. 15 ноября 1796 г. снова заработала Коммерц-коллегия, и таможни переподчинили ей. Министр коммерции стал главным начальником всех таможенных учреждений России.

В начале XIX в. в стране коллежская система управления сменилась министерской. 25 июня 1811 г. Министерство коммерции ликвидируется. Функция управления таможнями передается во вновь созданный Департамент внешней торговли, включенный в состав образованного в 1802 г. Министерства финансов.

В середине XIX в. контрабанда была одним из широко распространенных способов торговли. В ряде мест она велась почти явно, например в Бродах, на границе с Австрией, или в Мемеле, на границе с Пруссией, где открыто существовали компании, которые за умеренную плату страховали контрабандные грузы. Например, в 1831 г. на северо-западной границе в районе Паланген была задержана контрабанда на сумму 48 281 руб. По тем временам это была очень крупная сумма. Товар прибыл из Парижа и предназначался для продажи местным купцам. Слух о задержании такой дорогой партии контрабанды дошел до Николая I, и он пожелал лично осмотреть груз. Монарх был весьма удивлен неистощимой фантазией контрабандистов: дорогие товары размещались под козлами в рессорах и даже в кожаных мешках, в которых хранилось сало для смазки колес. Увиденное так потрясло царя, что с этого времени он стал постоянно интересоваться охраной границ, требуя усиленной борьбы с контрабандой.

В 1868 г. для усиления охраны морской границы в Балтийском море создается Морское крейсерство, а в 1872 г. основывается таможенная флотилия. В октябре 1893 г. пограничная стража была выведена из подчинения начальника Департамента таможенных сборов и таможенных округов, ей присвоили название Отдельного корпуса пограничной стражи, который переходил в непосредственное подчинение Министра финансов.

Ведущим правовым актом в системе таможенного законодательства долгое время оставался Таможенный устав, который действовал с 1755 г. свыше 60 лет. Второй Таможенный устав 1819 г. был принят в правление императора Александра II в период наибольшей либерализации таможенной политики России. Важнейшее значение в развитии таможенного законодательства имел Таможенный устав 1857 г., в котором была закреплена система таможенных учреждений и управления ими.

Принятый в условиях окончательного перехода к активному протекционизму Таможенный устав 1892 г. установил общий порядок регулирования европейской и азиатской торговли.

Последний таможенный устав Российской Империи был принят в 1910 г. Его нормы фактически действовали до принятия в 1924 г. первого советского Таможенного устава СССР.

Мировая война, первые годы революции и гражданской войны окончательно свели к нулю как внешний товарооборот, так и функции российской таможни. В условиях разрухи и натурального товарообмена вопроса о таможенной политике не возникало. К реформированию внешней торговли приступило уже Временное правительство.

Последующие важные перемены произошли после Октябрьской революции 1917 г. Положением ВЦИК и СНК о рабочем контроле от 14 (27) ноября 1917 г. вводилась государственная торговая монополия на все товары первой необходимости. 22 апреля 1918 г. был принят Декрет СНК о национализации внешней торговли. Через месяц учреждается пограничная охрана. В июне принимается Декрет «О переходе Департамента таможенных сборов, Главного управления пограничной охраны и корчемной стражи в ведение Народного комиссариата торговли и промышленности». Департамент таможенных сборов переименовывается в Главное управление таможенного контроля с непосредственным подчинением Народному комиссару торговли и промышленности.

В начале 1921 г. политика «военного коммунизма» сменилась новой экономической политикой. Товарный голод в стране, дезорганизация рынка, переставшего быть регулятором производства, низкое качество продукции и высокая себестоимость отечественных товаров при недостаточном ввозе — таковы были объективные условия, благоприятствовавшие развитию контрабанды. В декабре 1921 г. было принято постановление СНК РСФСР «О борьбе с контрабандой», в соответствии с которым при ВЧК начала работать Центральная комиссия по борьбе с контрабандой под председательством Реввоенсовета.

Таможенный устав СССР 1924 г. — первый кодифицированный акт по таможенному регулированию, сформировавший систему таможенного управления в Союзе. Главной задачей таможенных органов стал контроль за экспортно-импортными операциями в рамках государственной монополии внешней торговли. На рубеже 20—30-х гг. усилился командно-бюрократический стиль управления экономикой, укрепился принцип государственной монополии, резко сократилось число участников внешнеторговых связей, таможенный контроль стал чисто вспомогательным инструментом регулирования внешнеэкономической деятельности.

В начале 1930-х гг. был введен ускоренный пропуск через границу отдельных грузов и централизованный порядок расчетов по таможенным пошлинам за эти грузы. Упрощение в оформлении привело к изменениям в таможенной системе — ликвидировались таможенные склады для временного хранения экспортных и импортных грузов, уменьшилось количество таможен и таможенных постов, сократился штат таможенных служащих. Одновременно упрощалась система управления таможенными органами. Сложившаяся система таможенных органов просуществовала почти без изменений до 1980-х гг.

Таможенным кодексом 1964 г. таможня была переподчинена Министерству внешней торговли СССР. Решением Совета Министров СССР в 1986 г. на базе Главного таможенного управления при Министерстве внешней торговли СССР было образовано Главное управление государственного таможенного контроля (ГУГТК) при Совете Министров СССР.

После распада СССР Указом Президента РСФСР от 25 октября 1991 г. № 161 был образован Государственный таможенный комитет РСФСР. Ему было поручено организовать борьбу с нарушением таможенных правил, в том числе и с административными правонарушениями, рассмотрение дел по которым в соответствии с Кодексом РСФСР об административных правонарушениях осуществляли таможенные органы Российской Федерации.

Указом Президента РФ от 9 марта 2004 г. № 314 «О системе и структуре федеральных органов исполнительной власти» в целях формирования эффективной системы и структуры федеральных органов исполнительной власти в соответствии со ст. 112 Конституции РФ и Федеральным конституционным законом «О Правительстве Российской Федерации» Государственный таможенный комитет РФ был преобразован в Федеральную таможенную службу. Его функции по принятию нормативных правовых актов в установленной сфере деятельности были переданы Министерству экономического развития и торговли РФ.

В настоящее время Федеральная таможенная служба непосредственно подведомственна Правительству РФ.