Правительство РФ как высший орган исполнительной власти разрабатывает и реализует меры государственной поддержки развития науки; обеспечивает государственную поддержку фундаментальной науки (например, нанотехнологии), приоритетных направлений прикладной науки, имеющих общегосударственное значение.

Систему органов государственного управления в сфере науки возглавляет Министерство образования и науки РФ (Минобрнауки России), которое является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере научной, научно-технической и инновационной деятельности, развития федеральных центров науки и высоких технологий, государственных научных центров и наукоградов, интеллектуальной собственности (за исключением нормативно-правового регулирования вопросов, касающихся контроля, надзора и оказания государственных услуг в сфере правовой охраны изобретений, полезных моделей, промышленных образцов, программ для электронно-вычислительных машин, баз данных и топологий интегральных микросхем, в том числе входящих в состав единой технологии, товарных знаков, знаков обслуживания, наименований мест происхождения товаров), а также функции по оказанию государственных услуг и управлению государственным имуществом в сфере научной, научно-технической и инновационной деятельности, включая деятельность федеральных центров науки и высоких технологий, государственных научных центров, уникальных научных стендов и установок, федеральных центров коллективного пользования, ведущих научных школ, национальной исследовательской компьютерной сети нового поколения и информационное обеспечение научной, научно-технической и инновационной деятельности.

Федеральная служба по надзору в сфере образования и науки (Рособр- надзор) — федеральный орган исполнительной власти, выполняющий функции контроля и надзора в сфере образования и науки.

Служба для реализации своих полномочий имеет право: организовывать проведение необходимых расследований, испытаний, экспертиз, анализов и оценок, а также научных исследований по вопросам контроля и надзора в установленной сфере деятельности;

давать юридическим и физическим лицам разъяснения по вопросам, отнесенным к ее компетенции;

привлекать для проработки вопросов, отнесенных к установленной сфере деятельности, научные и иные организации, ученых и специалистов;

создавать совещательные и экспертные органы (советы, комиссии, группы, коллегии) в установленной сфере деятельности.

Федеральное агентство научных организаций (ФАНО России) является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по нормативно-правовому регулированию и оказанию государственных услуг в сфере организации деятельности, осуществляемой подведомственными организациями, в том числе в области науки, образования, здравоохранения и агропромышленного комплекса, а также по управлению федеральным имуществом организаций, подведомственных Агентству. Руководит его деятельностью Правительство РФ. Положение о Федеральном агентстве научных организаций утверждено постановлением Правительства РФ от 25 октября 2013 г. № 959.

Федеральное агентство научных организаций осуществляет деятельность непосредственно, через свои территориальные органы, а также через подведомственные организации во взаимодействии с другими федеральными органами исполнительной власти, иными государственными органами, органами исполнительной власти субъектов РФ, органами местного самоуправления, федеральным государственным бюджетным учреждением «Российская академия наук» и его региональными отделениями, общественными объединениями и иными организациями.

Агентство наделено следующими полномочиями: реализует в порядке и пределах, которые определены федеральными законами, актами Президента РФ и Правительства РФ, функции и полномочия учредителя организаций, подведомственных Агентству, а также собственника федерального имущества, закрепленного за подведомственными Агентству организациями;

утверждает с учетом предложений федерального государственного бюджетного учреждения «Российская академия наук» программы развития научных организаций, подведомственных Агентству, государственные здания на проведение фундаментальных и поисковых научных исследований научными организациями, созданными в форме бюджетных и автономных учреждений и подведомственных Агентству;

разрабатывает совместно с федеральным государственным бюджетным учреждением «Российская академия наук» план проведения фундаментальных и поисковых научных исследований научными организациями, подведомственными Агентству, в рамках выполнения программы фундаментальных научных исследований в Российской Федерации на долгосрочный период;

оценивает эффективность деятельности организаций, подведомственных Агентству, в том числе с учетом оценки научной деятельности указанных организаций, осуществляемой федеральным государственным бюджетным учреждением «Российская академия наук»;

контролирует деятельность территориальных органов Агентства; распоряжается федеральным имуществом, закрепленным за Агентством и подведомственными ему организациями, и др.