Центральный аппарат ФНС является вышестоящим органом по отношению к Территориальным налоговым органам. Таким образом, контролируемая сделка может быть выявлена в рамках повторной выездной налоговой проверки, проводимой вышестоящим налоговым органом - в порядке контроля за деятельностью налогового органа, проводившего проверку.

Очевидно, что в рамках такой повторной проверки уже Центральным аппаратом ФНС проводится поиск контролируемых сделок, информация о которых не направлена налогоплательщиком самостоятельно в Уведомлениях.

Таким образом предварительный этап налогового контроля трансфертного включает в себя:

•                    первичный анализ Уведомлений;

•                    поиск Территориальными налоговыми органами контролируемых сделок, информация о которых не направлена налогоплательщиком самостоятельно в Уведомлениях, и информирование о них Центрального аппарата ФНС, а также контроль правильности и полноты заполнения Уведомления, который может проводиться как в рамках налоговых проверок, так и в качестве отдельного вида налоговой проверки - камеральной налоговой проверки Уведомления.