Государственное управление транспортной деятельностью осуществляется прежде всего, на уровне федеральных органов исполнительной власти. В структуре этих органов создано Министерство транспорта Российской Федерации, Положение о котором было утверждено Постановлением Правительства РФ от 30 июля 2004 г. N 395.

Министерство транспорта Российской Федерации (Минтранс России) является федеральным органом исполнительной власти в области транспорта, осуществляющим функции по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере гражданской авиации, использования воздушного пространства и аэронавигационного обслуживания пользователей воздушного пространства Российской Федерации, авиационно-космического поиска и спасания, морского, внутреннего водного, железнодорожного, автомобильного, городского электрического (включая метрополитен) и промышленного транспорта, дорожного хозяйства, эксплуатации и обеспечения безопасности судоходных гидротехнических сооружений, обеспечения транспортной безопасности, а также государственной регистрации прав на воздушные суда и сделок с ними и организации дорожного движения в части организационно-правовых мероприятий по управлению движением на автомобильных дорогах.

Министерству транспорта подведомственны федеральные органы исполнительной власти, осуществляющие государственные функции по контролю (надзору), оказанию государственных услуг и управлению государственным имуществом в сфере транспорта:

Федеральная служба по надзору в сфере транспорта (Ространснадзор);

Федеральное агентство воздушного транспорта (Росавиация);

Федеральное дорожное агентство (Росавтодор);

Федеральное агентство железнодорожного транспорта (Росжелдор);

Федеральное агентство морского и речного транспорта (Росморречфлот).

Особо следует охарактеризовать управление перевозочным процессом на железнодорожном транспорте, которое координируется ОАО "Российские железные дороги". Все акции общества находятся в собственности Российской Федерации. ОАО "РЖД" появилось в 2003 г. в результате структурной реформы федерального железнодорожного транспорта, проводимой на основании Постановления Правительства РФ от 18 мая 2001 г. N 384. Главными целями деятельности акционерного общества являются обеспечение потребностей государства, юридических и физических лиц в железнодорожных перевозках, работах и услугах, оказываемых железнодорожным транспортом, а также извлечение прибыли.

В результате структурной реформы железнодорожного транспорта сформирован конкурентный рынок оперирования грузовыми вагонами путем создания дочерних общесетевых ("Первая грузовая компания", "Вторая грузовая компания") и специализированных ("Трансконтейнер", "Рефсервис", "Русская Тройка", "РейлТрансАвто") операторских компаний и полного вывода из ОАО "РЖД" парка грузовых вагонов посредством его передачи в капитал дочерних операторов и продажи иным собственникам подвижного состава. Создана Федеральная пассажирская компания, осуществляющая дальние пассажирские перевозки в России и в сообщении с зарубежными странами. Практически завершена работа по созданию на полигоне железных дорог пригородных пассажирских компаний.

Разработана Целевая модель рынка грузовых железнодорожных перевозок на период до 2015 года, определяющая стратегические цели, основные направления развития государственной политики в отношении грузовых железнодорожных перевозок и развития инфраструктуры, целевое состояние рынка оперирования подвижным составом и грузовых железнодорожных перевозок и принципы взаимодействия его основных участников; основные направления совершенствования тарифной системы и нормативной правовой базы деятельности железнодорожного транспорта.

Непосредственные отношения между транспортными организациями и их контрагентами, как правило, регулируются на основе договора, что исключает вмешательство третьих лиц. Вместе с тем транспортная деятельность затрагивает интересы подавляющего большинства граждан и юридических лиц. В целях обеспечения публичной защиты этих интересов, недопущения злоупотреблений со стороны перевозчиков, контроля над транспортной безопасностью, создания конкурентной среды в транспортной отрасли государство должно осуществлять публично-правовое регулирование транспортной деятельности, в том числе путем применения в необходимых случаях мер государственного принуждения.

Одним из направлений государственного регулирования в сфере транспорта является лицензирование деятельности, связанной с осуществлением перевозок грузов, пассажиров и багажа. Количество лицензируемых видов деятельности постоянно уменьшается и в настоящее время распространяется на деятельность, при осуществлении которой необходима максимальная защита интересов пассажиров, грузоотправителей и грузополучателей.

Так, в соответствии с Федеральным законом от 4 мая 2011 г. N 99-ФЗ "О лицензировании отдельных видов деятельности" лицензированию подлежат: перевозки пассажиров внутренним водным, морским, воздушным и железнодорожным транспортом; перевозки пассажиров автомобильным транспортом, оборудованным для перевозок более восьми человек (за исключением случая, если указанная деятельность осуществляется для обеспечения собственных нужд юридического лица или индивидуального предпринимателя); погрузочно-разгрузочная деятельность применительно к опасным грузам на внутреннем водном, железнодорожном транспорте и в морских портах; деятельность по осуществлению буксировок морским транспортом.

Лицензирование перевозок грузов теперь применяется в полном объеме только на воздушном транспорте, а на внутреннем водном, морском и железнодорожном транспорте касается исключительно перевозки опасных грузов.

Государственное регулирование транспортной деятельности проявляется в осуществлении Федеральной службой по надзору в сфере транспорта контрольных и надзорных функций.

С целью реализации своих полномочий Ространснадзор имеет право проверять деятельность юридических и физических лиц, осуществляющих перевозочную и иную связанную с транспортным процессом деятельность, организовывать проведение необходимых расследований (за исключением авиационных и дорожно-транспортных происшествий), запрашивать и получать необходимые сведения, давать разъяснения, применять предусмотренные законодательством меры ограничительного, предупредительного и профилактического характера, направленные на недопущение и пресечение нарушений юридическими лицами и гражданами обязательных требований в сфере транспорта.

Важнейшим инструментом обеспечения безопасности и качества транспортной деятельности, внедрения инноваций в сферу транспорта является техническое регулирование отношений, возникающих при установлении, применении и исполнении обязательных требований к продукции и связанным с ней процессам проектирования, производства, строительства, монтажа, наладки, эксплуатации, хранения, перевозки, реализации и утилизации, при установлении и применении на добровольной основе требований к продукции, указанным процессам, выполнению работ или оказанию услуг, а также отношений в области оценки соответствия объектов регулирования установленным требованиям.

Формой подтверждения соответствия объектов требованиям технических регламентов, положениям стандартов, сводов правил или условиям договоров является сертификация. С сертификацией неразрывно связана стандартизация – деятельность по установлению правил и характеристик в целях их добровольного многократного использования, направленная на достижение упорядоченности в сферах производства и обращения продукции и повышение конкурентоспособности продукции, работ или услуг.

Подтверждение соответствия продукции, процессов, выполнения работ или оказания услуг требованиям, положениям стандартов, сводов правил или условиям договоров может носить добровольный или обязательный характер.

Федеральным законом от 17 августа 1995 г. N 147-ФЗ "О естественных монополиях" осуществляется регулирование деятельности субъектов естественных монополий, в том числе в сфере транспорта. К числу субъектов естественных монополий относятся лица, осуществляющие деятельность в сфере: железнодорожных перевозок; предоставления услуг в транспортных терминалах, портах и аэропортах; услуг по использованию инфраструктуры внутренних водных путей.

Для регулирования и контроля деятельности субъектов естественных монополий образуются федеральные органы исполнительной власти по регулированию естественных монополий. Основным федеральным органом исполнительной власти по регулированию естественных монополий является Федеральная служба по тарифам (ФСТ России).

Она осуществляет функции по определению или установлению цен (тарифов) и контролирует их применение в сферах деятельности субъектов естественных монополий. Кроме того, Федеральная антимонопольная служба (ФАС России) осуществляет функции по принятию нормативных правовых актов и контролю над соблюдением законодательства в сфере деятельности субъектов естественных монополий (в части установленных законодательством полномочий антимонопольного органа).

Указанными органами могут применяться специальные методы регулирования деятельности субъектов естественных монополий:

ценовое регулирование, осуществляемое посредством определения или установления цен (тарифов) или их предельного уровня;

определение потребителей, подлежащих обязательному обслуживанию, и (или) установление минимального уровня их обеспечения в случае невозможности удовлетворения в полном объеме потребностей в товаре, производимом или реализуемом субъектом естественной монополии.

Поскольку транспортные средства являются источниками повышенной опасности, государство уделяет значительное внимание правовому регулированию безопасности движения и перевозок на транспорте.

Например, в целях обеспечения авиационной безопасности Постановлением Правительства РФ от 1 февраля 2011 г. N 42 были утверждены Правила охраны аэропортов и объектов их инфраструктуры. Для железнодорожного транспорта Правительством РФ утверждены технические регламенты о безопасности железнодорожного подвижного состава, безопасности высокоскоростного железнодорожного транспорта, безопасности инфраструктуры железнодорожного транспорта.