Субъективная сторона изнасилования характеризуется виной в форме прямого умысла, т. е. виновный осознает, что совершает насильственный половой акт помимо воли и желания потерпевшей или с использованием ее беспомощного состояния, и желает действовать подобным образом.

Лицо должно сознавать, что применяет такое насилие и такие угрозы, которые способны сломить сопротивление женщины или заставить ее отказаться от борьбы, или, что потерпевшая находится в беспомощном состоянии и не может выразить свою волю.

Совершая изнасилование, субъект преступления осознает, что оказываемое женщиной сопротивление является не притворным, а действительным, и стремится сломить это сопротивление путем применения физической силы или психического насилия, угроз.

Важным моментом при совершении половых преступлений является мотивация. Мотивы преступления могут быть различными: удовлетворение половой страсти, месть, вынудить потерпевшую выйти замуж, желание опозорить женщину и др.

Хулиганские побуждения, цели поиздеваться над потерпевшей, унижение потерпевшей, различные действия, внешне напоминающие изнасилование, например, виновный требовал вступить с ним в половую связь, пытался повалить, хватал за различные части тела, не могут быть квалифицированы по ст. 131 УК РФ.

Как явствует из конструкции состава преступления, предусмотренного ст. 131 УК РФ, мотив не является обязательным признаком субъективной стороны данного состава преступления. В теории уголовного права в качестве основного мотива изнасилования принято рассматривать сексуальный мотив. Так, С. Д. Цэнгэл считает, что мотив изнасилования всегда сексуальный, т. е. связанный с удовлетворением половой потребности.

Однако сексуальный мотив при совершении изнасилования не является единственным. Наиболее трудным для понимания мотивации сексуального насилия является то обстоятельство, что мужчины не всегда совершают насилие ради сексуального удовлетворения.

Изнасилование может быть совершено с целью облегчения сексуальной эксплуатации потерпевшего лица. Сексуальный мотив сочетается с другими мотивами. М. И. Могачев считает, что "в основе совершения этих деяний лежит сложная совокупность мотивов, определяемая не только физиологическими потребностями виновного. Навязчивый характер, стремление к систематическому совершению половых актов свидетельствует не столько о желании к повторному получению сексуального удовольствия, сколько о внутреннем дискомфорте, тягостности и напряженности, заставляющих изменить самооценку, повысить свой внутренний статус и самоутвердиться в собственных глазах. В данном случае сексуальная сфера, на которой происходит психологическое застревание индивида, выступает основным способом снятия тревожности и преодоления ощущения социальной изоляции, в связи с чем гедонический мотив приобретает роль стимулирующей составляющей".

С. В. Бородин в качестве мотива данного преступления называет удовлетворение половой страсти. Иные авторы (Ю. И. Скуратов, А. Н. Красиков) наряду с доминирующим мотивом – стремление к удовлетворению половой потребности – указывают и иные мотивы. Мотив изнасилования на квалификацию преступления не влияет.

В рамках рассмотрения вопроса о субъективной стороне состава преступления "изнасилование" важно определиться, что именно следует понимать под согласием женщины на вступление в половое сношение.

Представляется важным рассмотреть и ответить на вопрос, является ли просьба потерпевшей об использовании насильником контрацептивных средств достаточным подтверждением согласия на вступление в половую связь. Такая просьба потерпевшей не является и не может являться доказательством согласия потерпевшей на вступление в половое сношение. На самом деле она является попыткой жертвы оградить себя от причинения большего вреда в будущем, например, избежать нежелательной беременности и ее неблагоприятных последствий, избежать венерических заболеваний и т. д.

Согласие может быть "дружеским". Сексологи называют изнасилованием и такие факты полового сношения, которые имели место в рамках знакомства, дружелюбного общения с будущим насильником. Зачастую эти факты происходят в ситуации, когда жертва находится в гостях у приятеля, как правило, малознакомого, или приглашает его к себе в дом. В ряде случаев изнасилование имеет место при пассивном согласии девушки, когда жертва не желает секса, но и не препятствует ему, что расценивается мужчиной как проявление согласия. Такую форму согласия, а именно "недостаточно активное противодействие проявлениям сексуального намерения", В. С. Минская предлагает рассматривать как "безнравственное поведение потерпевшей".

Необходимо отметить, что на практике возникает сложный вопрос: исключает ли уголовную ответственность за изнасилование то обстоятельство, что обвиняемый добросовестно считал, что согласие со стороны потерпевшей было? Безусловно, исключает. Однако следует заметить, что в судебной практике этот момент трудно доказуем, что, впрочем, не имеет значения для решения вопроса в материальном уголовном праве. Мужчины и женщины зачастую неодинаково интерпретируют одну и ту же ситуацию. В глазах мужчины, который думает, что женщина лишь создает видимость возражения и сопротивления, а на самом деле хочет того же, чего и он – вступить в половое сношение, - насилие выглядит продолжением ухаживания. В то же время существует и такое понятие, как притворное сопротивление, когда женщина говорит "нет", но всем своим поведением демонстрирует желание вступить в половое сношение.

В основе сексуальных конфликтов часто лежат различные поведенческие модели и ожидания, связанные с сексуальной культурой. В современном обществе в подавляющем большинстве случаев мужчинам отводится роль инициатора полового сношения. Женщин соответственно относят к категории пассивно ожидающих. Поэтому все события, происходящие в сфере сексуальных отношений, могут трактоваться субъективно.

Некоторые выражения отвращения и нежелания не могут быть приняты как однозначные признаки несогласия, потому что они могут быть демонстрацией желания жертвы выглядеть в данной ситуации добропорядочной. Сопротивление жертвы может быть вызвано скромностью. Ю. В. Журавлева пришла к выводу, что необходимо отказаться от гиперболизации роли "вины" жертвы изнасилования. Перекладывание ответственности за изнасилование с преступника на жертву недопустимо.