При ратификации Европейской Конвенции акты ЕСПЧ признавались ipso facto обязательными по вопросам толкования и применения Конвенции и Протоколов к ней в случаях предполагаемого нарушения Российской Федерацией положений этих договорных актов, когда предполагаемое нарушение имело место после их вступления в действие в отношении РФ.

Первым спорным делом в ЕСПЧ против России стало «Илашку и другие против Молдовы и России». Заявители утверждали о факте нарушения их прав в рамках действия ст. 2, 3,5,6,8 Европейской Конвенции и настаивали на солидарной ответственности властей Российской Федерации на основании осуществляемого ими, по мнению заявителей, «фактическим контролем».

В рамках Постановления Большой Палаты, обязавшего Россию и Молдову принять ряд мер, в том числе выплаты заявителям, судьей А.И. Ковлером было сформулировано Особое мнение. Высокоуважаемый Судья указал, что Судом были не учтены исторические особенности формирования территориального образования «Приднестровская республика», а также не согласился с изложенным Большой Палатой толкованием понятий «ответственность» и «юрисдикция». Помимо указанного, жалоба, по его мнению, не была приемлема в отношении России в ratione personae и ratione loci.

Министр иностранных дел РФ Сергей Лавров выразил мнение, что данное Постановление было в большей степени обусловлено политическим фактором, нежели юридическим. В последующем, Российской Федерацией была выполнена только часть возложенных на нее ЕСПЧ обязательств по рассматриваемому делу, несмотря на то, что вопрос о выполнении оставшейся части неоднократно ставился перед представителями России Комитетом Министров Совета Европы.

Так, спустя относительно короткий период после ратификации Европейской Конвенции стало очевидно, что в дальнейшем решения ЕСПЧ могут не совпадать с правовой и политической позицией России по рассматриваемым Судом вопросом в той степени, в которой их выполнение повлечет кардинальное изменение в национальном законодательстве.

Следующим громким решением стало Постановление по делу «Кононов против Латвии». Заявитель утверждал о нарушениях властями Латвии ст. 6 и ст. 7 Европейской Конвенции. В рамках уголовного преследования правоохранительными силами Латвии Василий Кононов обвинялся в совершении военного преступления по смыслу Гаагских Конвенций в 1944 году на основании ст. 68-3 советского латвийского Уголовного кодекса 1961 года. Латвийским Законом 1993 года было внесено положение, согласно которому разрешается ретроспективное применение уголовного права в отношении преступлений против человечности и военных преступлений.

Дело Кононова прошло всю судебную систему Латвии, и он был признан виновным в совершении вменяемых деяний, с назначением наказания в виде года и 8 месяцев тюремного заключения. После отклонения Верховным судом Латвии апелляционной жалобы Кононова 27 августа 2004 года им была подана жалоба в ЕСЧП. Поскольку с 2000 года Василий Кононов являлся гражданином Российской Федерации, она была привлечена в процесс Страсбургского Суда в качестве третьей стороны.

24 июля 2008 года Палата признала нарушение Латвией ст. 7 Европейской Конвенции (запрет ретроактивного уголовного преследования), и присудила выплату справедливой компенсации Кононову. В рамках своей деятельности Палата разрешала два вопроса: существовала ли на момент совершения деяния Кононовым правовая база, позволяющая определить акт в качестве военного преступления, а также, могли ли иметься у обвиняемого в момент совершения деяния основания полагать, что его действия повлекут за собой судебное преследование. Для ответа на данные вопросы, Палате необходимо было определить, являлись ли лица, чью смерть повлекло вменяемое деяние комбатантами на момент его совершения, а также определить, действие законодательства какого государства применялось на территории совершения деяния. Последний аспект возник в связи с оспариванием Латвией законности включения ее в состав СССР в 1940 году после принятия Пакта Молотова – Риббентропа.

Таким образом, уже на данном этапе прослеживалась определенная политизированность поставленных перед Палатой вопросов: исторические позиции Российской Федерации и Латвии по вопросам оккупации противоположны. Также стоит заметить, что при вынесении Палатой постановления, были сформированы 3 мнения в соответствии с Правилом 74 Регламента ЕСПЧ: одно совпадающее и два особых.

Латвия была не согласна с вынесенным решением, и дело было передано на рассмотрение в Большую Палату, которая 17 мая 2010 года вынесла Постановление, в котором заявителю отказывалось в ходатайстве о рассмотрении пунктов его жалобы и устанавливалось, что властями Латвией не были нарушены положения Европейской Конвенции. Данная позиция вызвала широкое возмущение со стороны Российской Федерации.

17 мая 2010 года МИД России представил свое Заявление о несогласии с выводами, к которым пришел Суд. В Заявлении указывалось, что решение Большой Палаты является «прецедентом, вызывающем большую тревогу», которое направлено на «юридически необоснованную и политически ущербную смену правовых подходов Совета Европы». Данный подход свидетельствует о том, что Россия и ЕСПЧ расходятся не только по вопросам обязанностей, возложенных на РФ в рамках рассмотрения жалоб ЕСПЧ, но также по общим вопросам толкования норм и принципов международного права в том ключе, в каком выводы Суда не согласовываются с исторической и политической позицией Российской Федерации.

21 мая 2010 года Государственная Дума ФС РФ приняла Заявление, Постановление по которому «отменяло приятое 17 мая 2010 года Большой Палатой ЕСПЧ Постановление». Уже здесь возникает справедливый вопрос: что в данном контексте означает слово «отменяет»?

28 мая 2010 года было представлено Заявление Министерства юстиции РФ, в котором также выражалось негативное отношение России к приведенному Большой Палатой толкованию норм международного права относительно ретроспективного применения уголовного закона. В Заявлении отмечалось, что решение противоречит принятому ранее ЕСПЧ толкованию ст. 7 Европейской Конвенции в деле «Корбели против Венгрии». Здесь же необходимо сказать о последующей за Постановлением Большой Палаты статье А.И. Ковлера «После “Кононова”». Многоуважаемый судья также выступил против толкования, представленного ЕСПЧ в мае 2010 года.

Широкое обсуждение вызвало Постановление Европейского суда среди доктринальных и политических представителей Российской Федерации. Так, председатель комитета Совета Федерации по международным делам Михаил Маргелов задавался вопросом, представляется ли возможным полагаться на решения судей (имеются в виду судьи ЕСПЧ), если после дела Кононова явствует отсутствие гарантий, что судьи ЕСПЧ будут без политических пристрастий руководствоваться только правом. В финальном абзаце статьи М.В. Маргелова обращается внимание на то, что созданный ЕСПЧ прецедент «побуждает нас к внимательному изучению участия нашей страны в разного рода международных судебных институтах».

Так, дело Кононова дало мощный импульс для переоценки позиции полной приверженности Российской Федерации европейским ценностям в том виде, каком их трактует ЕСПЧ.

Помимо указанного, с критикой Постановления Большой Палаты по делу Кононова выступил Председатель Конституционного Суда РФ В.Д. Зорькин в Докладе на XIII Международном Форуме по конституционному правосудию. В.Д. Зорькин обвинил ЕСПЧ в игнорировании основополагающих принципов уголовной ответственности, и отметил, что ЕСПЧ не должен осуществлять пересмотр достигнутого после Второй мировой войны международного консенсуса.

Таким образом, продолжительное время (относительно ратификации Европейской Конвенции Российской Федерации) имеет место конфликт толкований Европейской Конвенции, сформированного ЕСПЧ, и позиции национальных властных органов Российской Федерации. Обнаруженный в 2004 году спор о применении актов ЕСПЧ выявил сторонников позиций по вопросу присутствия политизированности в решениях ЕСПЧ и имплементации их в национальную правовую систему. Предложенная стороной, уверенной в превышении ЕСПЧ своих полномочий по толкованию Европейской Конвенции, аргументация стала в последующем базисом для формирования позиции о возможной необязательности исполнения Постановлений ЕСПЧ.